philippe

Sur les traces de l’autre or noir, à la découverte d’un caféier (Coffea canephora Pierre ex A.Froehner) et de sa diversité génétique.

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Avr 172014
 

Je profite d’une présentation de mes travaux de thèse que j’ai réalisée la semaine dernière au labo de l’URFM (INRA Avignon) où je suis actuellement en post-doc pour faire un article sur ces travaux qui m’ont occupés pendant près de 4 ans (et m’occupent encore aujourd’hui d’ailleurs). Donc ces travaux, dont le titre de ce post reflète au moins en partie le contenu, ce sont déroulés au CIRAD, dans l’UMR actuellement connue sous le nom d’AGAP. Je me suis intéressé, sous la responsabilité de Magali Dufour puis de Thierry Leroy (DEA puis thèse) à la structure génétique d’une espèce de caféier, qui produit le café robusta (oui vous savez, celui qui est pas très bon et super fort 😉 ).

Structure génétique, késaco? Pour faire simple, l’idée était d’aller voir à quel niveau les caféiers de cette espèce, pris dans différentes populations sur l’ensemble de la zone dans laquelle ils poussent naturellement étaient similaires ou différents. Ce n’est pas forcément une question triviale notamment quand on commence à se demander si deux caféiers pris au hasard viennent d’une même population ou de deux populations différentes. Le but était de savoir comment s’organise la diversité génétique, si des individus justement de deux populations différentes sont plus différents que deux individus d’une même population par exemple. On peut également se poser la question de savoir si la distance géographique entre les populations que l’on regarde à également une influence sur la différentiation génétique entre les individus. Bref pas mal de questions et de boulot! Je vais essayer de répondre au moins à une partie de ces questions.   Pour ceux qui sont intéressés, les liens vers ma thèse et les articles publiés en relation avec ce travail, ainsi qu’un article de « vulgarisation » tiré de l’un de mes articles sur le site du CIRAD:

Pas le temps de développer tout de suite, j’y reviendrais très vite…

Mes recherches

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Avr 172014
 

Bon, je n’ai finalement pas pris le temps de m’intéresser à mon blog. Pas de mises à jour (à part les photos) depuis bien trop longtemps. On va essayer de remédier à ça. Pour commencer une nouvelle section pour décrire mes recherches (actuelles, passées et à venir), en essayant de garder une vision générale. On verra bien si cela peut intéresser du monde. A bientôt pour de nouvelles aventures.

Virée au Connemara 20/21/22 juillet 2012 (3)

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Juil 292012
 

 

Allez, fin de l’histoire.

Donc, après un petit déj bien rempli au BnB, on reprend la voiture direction retour en passant ce coup-ci par le centre des terres.

Mais avant, un petit retour en arrière pour découvrir la skyroad autour de Clifden qu’on a pas eu le temps de faire la veille. Ceci étant dit, vu le temps (pourri) on en a pas profiter au max mais c’était quand même plutôt sympa :

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Virée au Connemara 20/21/22 juillet 2012 (2)

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Juil 282012
 

Ben ça y est, c’est demain, en France en tout cas, moi c’est que 23h donc j’ai de la marge Tongue Out

On continue, c’est parti !

Donc après Clifden, on est tranquillement parti rejoindre le BnB étape de la journée un peu plus au Nord, toujours dans des paysages à couper le souffle. Et puis la vue depuis le BnB, de la folie !

La Ben Breen House était un BnB un peu plus « industriel » que le précédent, mais très agréable et superbement placé.

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Virée au Connemara 20/21/22 juillet 2012 (1)

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Juil 282012
 

Géraldine est rentrée jeudi en France, du coup je m’ennuie un peu tout seul dans l’appart. Pour m’occuper, je me suis dit que je pouvais raconter par le menu notre petit week-end au Connemara de la semaine dernière.

Allez, c’est parti.

Récupération de la voiture à l’aéroport de Dublin, normalement à 15h, on y était à 15h15 (normal). Par contre le type à l’accueil pas très sympa (bon on était pas passé directement par sa compagnie pour réserver mais quand même). Bref, le temps qu’il trouve une voiture (ils avaient plus la catégorie quand on est arrivés, alors ils ont essayé de nous refiler la catégorie supérieure avec un supplément), on a quand même fini par pouvoir en avoir une. Mais à l’aéroport de Dublin, pour récupérer la voiture, il faut prendre un bus qui vous amène au parking. Donc tout ça nous a pris environ une heure et demie (et je suis gentil). Après, une fois sortie du parking, il est important de bien penser à l’envers, ben oui on conduit à gauche en Irlande, assez perturbant les quelques premiers kilomètres…

Ensuite passage par les jardins parce que j’avais oublié mon chargeur de portable (ben oui, quand on à la tête percée…), puis direction Galway et le premier BnB.

Pour aller à Galway, on prend tour à tour des autoroutes, des nationales, des autoroutes, des nationales, et des routes de ville. Tout ça n’a pas trop réussi à GG qui a été bien malade (sans doute aussi le stress de la conduite à gauche). Bref, une route sans histoire mais quelques détails caucasse qu’on ne voit pas en France. Par exemple un tracteur tirant une grosse remorque de paille sur l’autoroute ou plein de mini-bus et de voitures arrêtés sur la bande d’urgence pour… une chtite pause pipi, avec parfois la bière à la main !

Arrivée au BnB à Sathill (juste après Galway sur la côte) avec un peu plus d’une heure de retard, mais l’hôtesse très sympa ne nous en a pas tenu rigueur. Ensuite direction le resto en passant par la baie, paysage plutôt sympa ! Et puis dodo bien mérité. Allez, quelques photos de cette première soirée (d’autres dans la rubrique photos) :

 

Le Four Winds Lodge

20072012-05180-sans-titre Continue reading »

En mode week end!

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Juil 202012
 

Ça y est, c’est le week end, et du coup on se fait une virée direction Galway et le Conemara. Nuits en BnB et mode découverte. Photos a venir, attention tentative de roulage a gauche en plus 😉

En passant

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Juil 112012
 

Bon, aujourd’hui, au programme des PCRs et attendre que mon ordi est fini d’aligner des séquences de chloroplastes. Et voilà ça y est, j’en ai perdu la moitié (au moins). Promis je vous expliquerai en détail et par le menu ces mots abjects.

Peut-être que du coup je trouverai 5 minutes aujourd’hui pour commencer, sait-on jamais?

Science

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Juil 092012
 

Voilà, j’ai créé la catégorie science, pas sûr que j’y mette grand chose, encore que. C’est quoi cette idée? Ben tout simplement, il faut avouer que les scientifiques ont une affreuse tendance à parler un jargon totalement inintelligible pour le commun des mortels. Pourquoi? Grande question, c’est pourtant parfois si simple qu’il suffirait de prendre 5 minutes pour expliquer ce que l’on fait pour que (presque) tout le monde comprenne. Oui mais il faut prendre 5 minutes. Certes, je vais donc essayer, de temps à autre, de les prendre et d’expliquer une notion ou une expérience, juste histoire de « vulgariser » comme on dit. En fait cela a toujours été mon envie, je vais donc profiter de cette possibilité pour m’exprimer et expliquer ce que je fait, au moins dans les grandes lignes.

Je vous l’avoue, ça risque d’être un peu le foutoir d’autant que je n’ai pas forcément l’envie de classer tout ce dont je vais parler ici. Néanmoins si cela vous intéresse et qu’un nombre important de demande me parviennent, peut-être songerais-je à organiser un peu le fatras que je vais créer dans cette catégorie 😉

Découverte de WordPress

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Juil 092012
 

Bon ben voilà, après quelques minutes (heures?) passées dessus, je commence à comprendre l’esprit de WordPress. Première impression, c’est très puissant comme moteur de contenu et avec une communauté plus que développée, plein de plugins existent pour vous permettre de le mettre à votre sauce.

Première difficulté, comprendre les notions de catégories/pages/articles, déjà pas évident. Heureusement quelques heures passées sur Joomla ont fait que je ne suis pas un total néophyte en la matière. Alors pour résumer les pages affichent des contenus statiques, comme par exemple sur ce site la page « à propos’ ou mon CV. Moins facile à faire évoluer qu’une catégorie et définitivement placée en quelque part sur votre site, vous ne pouvez pas l’afficher à plusieurs endroits.

Les catégories sont dynamiques, c’est à dire qu’au fur et à mesure que vous rajouter des articles, les catégories auxquelles vous lierez ces articles les afficheront automatiquement. C’est parfait pour un blog, heureusement, c’est la fonctionnalité première de WordPress. Par exemple ceci est un article et si je l’assigne aux catégories « Divers » (c’était mon premier avis en commençant à l’écrire) mais également à la catégorie « Irlande », il va s’afficher dans les deux automatiquement, magique non?

Bon pour tout dire c’est pas si simple, surtout si vous rajoutez des fonctionnalités. Par exemple la gestion par défaut des photos sur WordPress ne me plaisait pas trop et ne correspondait pas à ce que je voulais, du coup j’ai installé le plugin « NextGen gallery ». Au passage un plugin super sympa qui permet de gérer très facilement vos albums photos et vos galeries (et oui, là encore il y a divers niveaux hiérarchiques, vous commencez sans doute à comprendre qu’on puisse facilement s’y perdre). Pour afficher vos photos, vous insérer un code dans vos pages/articles, oui mais du coup ce code est dynamique. C’est à dire que si vous appelez une galerie ou un album dans un page (statique) et que vous rajoutez des photos dans cette galerie ou cet album, ben ça va s’afficher automatiquement, du coup vous avez transformé une page statique au départ en affiche dynamique de photos, tu vois l’embrouille? En gros c’est le cas pour les pages de la section photos.

Bref tout ça est assez technique et pas très intéressant, si ce n’est pour ceux qui voudrait tenter l’aventure. N’ayez pas peur, c’est franchement pas si compliqué, et puis vous ne risquez rien !! Si jamais vous pouvez toujours me demander un coup de main 🙂

Sur ce, enjoy !! Et n’hésitez pas à me laisser vos comentaires/suggestions…

Ah si, j’oubliais, WordPress est un moteur de gestion de contenu, oui c’est bien beau, mais il faut l’afficher le contenu ! Pour ça WordPress (joomla aussi, que j’aime bien également d’ailleurs) permettent d’utiliser des templates ou des thèmes, c’est à dire des designs tout fait que vous appelez selon vos envies. Après plusieurs essais, j’ai pour l’instant retenu Suffusion. Ce thème est impressionnant car il vous donne le contrôle sur pratiquement tout le style de votre site. Vous avez quelques thèmes par défaut inclut dedans (celui que j’affiche pour le moment parce que je ne me suis pas encore plongé dedans), mais vous pouvez si vous le souhaitez pratiquement tout modifier (couleur des polices dans les diverses sections, typographie, couleur des arrières-plans, du titre,…), en gros une usine à gaz de la personnalisation qui vous évite de vous plonger dans le code (ce que je n’ai franchement pas envie de faire). Pareil pour les photos, NextGen propose des thèmes de base que vous pouvez personnaliser (là par contre ça passe par du code et je ne vais pas me plonger dedans). Par contre NextGen propose deux effets de base pour l’affichage des photos en grand qui ne me convenaient pas, du coup j’ai installé une petite lightbox du plus bel effet, hautement paramétrable, un bonheur :-), là ça commence à ressembler à ce que je souhaitais !